C’est dans les années 60 que l’aventure commence avec une idée du Dr Sylvain Auger. La famille Auger décide de se lancer dans le transport par autobus. À l'époque, l'entreprise offre déjà le transport en commun sur la Rive-Sud de Québec.

En 1967, son fils Michel Auger reprend l'entreprise familiale et munit l’entreprise d’une flotte de 13 autobus scolaires desservant les territoires de Lévis, Lauzon, ainsi que St-David. 

L’année 1980 est marquée par une croissance remarquable.L’entreprise passe d’une flotte de 15 à 50 véhicules et change de nom pour Autobus M. Auger. Deux ans plus tard s'ajoute un nouveau volet, celui du transport adapté en collaboration avec la Société de transport de Lévis. 

L’année 1989 est caractérisée par la création d’Autocars des chutes, toujours en collaboration avec la Société de transport de Lévis, dans le but de couvrir la partie ouest de la ville de Lévis en transport en commun. 

En 1999 et en 2000, l’entreprise fait l’acquisition respective d’Autobus Inter-Rives inc. et de Beauce Autobus inc. Ces acquisitions viennent consolider la présence d’Autobus M. Auger le sur territoire de la grande région de Québec. Aux territoires déjà desservis, M. Auger ajoute des services pour plusieurs commissions scolaires de la Rive-Nord de Québec ainsi que pour une commission scolaire en Beauce. 

En 2004, Sylvain Auger, qui incarne la troisième génération de dirigeants, prend la tête de l’entreprise comme président. Deux ans plus tard, c’est le début d’un partenariat avec le service de transport adapté de la Capitale.Comptant à l’époque 7 véhicules, aujourd’hui c’est plus de 40 qui sont mis à la disposition du STAC. 

L’année 2010 marque le début des multiples partenariats en transport collectif. Jusqu’à ce jour, les services sont offerts dans les MRC de L’Islet, de Bellechasse et de Portneuf. 

Ne cessant jamais d'innover et de se démarquer, les années 2011 à 2021 sont marquées par une suite d’acquisitions qui permet à Autobus Auger d’augmenter considérablement son territoire desservi ainsi que ses services offerts en plus de consolider sa présence dans la grande région de Québec, la Beauce, Lotbinière, Bellechasse et la Mauricie (Transport St-Augustin inc., Autobus Rowley inc., Autobus La Mauricie inc. et Transport Marquis inc.)